Cơ cấu của Trung tâm gồm có:

- Tính đến thời điểm hiện tại, Trung tâm có 24 nhân sự, trong đó có 14 viên chức cơ hữu, 07 nhân sự ký hợp đồng lao động, 03 nhân sự thực hiện công tác chuyên môn. Đối với nhân sự thực hiện công tác thường xuyên có 01 nhân sự trình độ tiến sĩ, 12 nhân sự trình độ thạc sĩ, 07 nhân sự trình độ đại học, 01 nhân sự trình độ cao đẳng; 06 đảng viên, 02 nhân sự trình độ cao cấp lý luận chính trị, 03 nhân sự trình độ trung cấp lý luận chính trị.

- Cơ cấu tổ chức bao gồm: Ban Giám đốc (01 Giám đốc và 02 Phó Giám đốc), 03 phòng chức năng (Phòng Hành chính-Tổng hợp; Phòng Bảo đảm chất lượng, Phòng Khảo thí), cùng với tổ chức Chi bộ Đảng và Công đoàn. Đội ngũ cán bộ của Trung tâm trẻ, nhiệt tình, có trách nhiệm trong công việc; một số cán bộ có nhiều kinh nghiệm trong công tác chuyên môn về BĐCL, khảo thí và xếp hạng đại học.